Đề tài Khóa luận Tốt nghiệp: Khai thác dữ liệu ESTs (Expressed Sequence Tags) ở chi Cam Chanh (Citrus) cho việc phát triển Marker phân tử SSR (Simple Sequence Repeats)
Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC
Tóm tắt nội dung:
- Nghiên cứu tập trung vào việc khai thác dữ liệu ESTs của chi Cam Chanh (Citrus) nhằm phát triển các marker phân tử SSR (Simple Sequence Repeats).
- Ests (Expressed Sequence Tags) là các đoạn trình tự DNA biểu hiện, có vai trò quan trọng trong việc nghiên cứu bộ gen, lập bản đồ di truyền, và chọn giống cây trồng.
- SSR (Simple Sequence Repeats) là các đoạn lặp lại ngắn trong DNA, có tính đa hình cao, ứng dụng rộng rãi trong phân tích di truyền và chọn giống.
- Phương pháp khai thác SSR từ dữ liệu ESTs được đề xuất như một giải pháp hiệu quả, chi phí thấp so với các phương pháp truyền thống.
- Khóa luận đã thu thập 191.110 trình tự ESTs của chi Citrus từ cơ sở dữ liệu GenBank, xác định được 28.241 SSRs và thiết kế 19.755 primers.
- Cơ sở dữ liệu về SSRs của chi Citrus đã được xây dựng và tích hợp vào website, giúp người dùng dễ dàng truy xuất và khai thác thông tin.
- Kết quả nghiên cứu cũng xác định được 33 EST-SSRs tương đồng với gen kháng virus Tristeza, mở ra tiềm năng ứng dụng trong việc cải thiện tính kháng bệnh cho cây trồng.
Mục lục chi tiết:
- Chương 1: Mở đầu (Đặt vấn đề, Mục tiêu của khóa luận)
- Chương 2: Tổng quan tài liệu (Giới thiệu về chi cam chanh, Đặc điểm, Sâu hại và bệnh tật, EST, Phương pháp Microsatellite (SSR), Cơ sở dữ liệu sinh học)
- Chương 3: Vật liệu và phương pháp (Các chương trình và ngôn ngữ lập trình được sử dụng, Các bước tiến hành)
- Chương 4: Kết quả và thảo luận (Thu thập trình tự ESTs Citrus từ CSDL dbEST, Loại các dữ liệu nhiễu và dư, Assembling, Tìm SSR, BLASTn, Thiết kế và kiểm tra primer, tBLASTX, Đưa dữ liệu vào CSDL quan hệ Microsoft ACCESS, Tích hợp CSDL vào web)
- Chương 5: Kết luận và đề nghị
- Tài liệu tham khảo
- Phụ lục