Giới thiệu đề tài
Đề tài "XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU SSRs (SIMPLE SEQUENCE REPEATS) TỪ ESTs (EXPRESSED SEQUENCE TAGS) CỦA CÂY DỨA (Ananas comosus)" tập trung vào việc xây dựng một cơ sở dữ liệu chuyên biệt cho các trình tự lặp lại đơn giản (SSRs) từ các thẻ trình tự biểu hiện (ESTs) của cây dứa. Trong bối cảnh dữ liệu sinh học ngày càng phát triển mạnh mẽ, việc tổ chức và truy xuất thông tin hiệu quả trở nên vô cùng quan trọng, đặc biệt là đối với các nghiên cứu chuyên sâu.
Khóa luận này nhằm mục tiêu:
- Thu thập các trình tự SSR từ cơ sở dữ liệu ESTs của cây dứa tại NCBI.
- Xây dựng một cơ sở dữ liệu (CSDL) hoàn chỉnh và các công cụ hỗ trợ người dùng khai thác dữ liệu một cách hiệu quả.
- Thiết kế giao diện web để truy cập và chia sẻ thông tin CSDL, giúp việc tìm kiếm và quản lý dữ liệu trở nên thuận tiện hơn.
- Tích hợp các công cụ tin sinh học vào trang web để hỗ trợ người dùng tìm kiếm trình tự SSR và thực hiện các phân tích liên quan.
Việc xây dựng CSDL SSRs từ ESTs của cây dứa không chỉ giúp quản lý hiệu quả nguồn dữ liệu khổng lồ mà còn tạo điều kiện thuận lợi cho các nghiên cứu về đa dạng di truyền, phân biệt loài và cá thể, lập bản đồ di truyền, xác định gen, cũng như hỗ trợ công tác chọn giống cây trồng thông qua chỉ thị phân tử.
Thông tin chung
Ngành: Công Nghệ Sinh Học
Tóm tắt nội dung
Đề tài tập trung vào việc xây dựng cơ sở dữ liệu SSRs từ ESTs của cây dứa (Ananas comosus). Quá trình thực hiện bao gồm thu nhận trình tự SSR từ CSDL ESTs của cây dứa tại NCBI, xây dựng CSDL và các công cụ hỗ trợ khai thác dữ liệu, thiết kế giao diện web để truy cập và chia sẻ thông tin, cùng với việc tích hợp các công cụ tin sinh học.
Mục lục chi tiết
Phần 1: Mở đầu
- 1.1. Đặt vấn đề
- 1.1.1. Sơ lược về sinh – tin học
- 1.1.2. Sơ lược về cây dứa
- 1.1.3. Sơ lược về phương pháp Microsatellite
- 1.2. Mục tiêu của khóa luận
Phần 2: Tổng quan tài liệu
- 2.1. Giới thiệu về cây dứa
- 2.1.1. Vị trí phân loại
- 2.1.2. Nguồn gốc và phân bố
- 2.1.3. Đặc điểm hình thái
- 2.1.3.1. Rễ
- 2.1.3.2. Thân
- 2.1.3.3. Lá
- 2.1.3.4. Hoa
- 2.1.3.5. Quả
- 2.1.3.6. Hạt
- 2.1.4. Đặc điểm trồng trọt
- 2.1.4.1. Yếu tố khí hậu
- 2.1.4.2. Yếu tố đất đai
- 2.1.4.3. Yếu tố sinh vật
- 2.1.5. Giá trị kinh tế và sử dụng
- 2.1.6. Các giống trồng
- 2.1.6.1. Nhóm Cayenne
- 2.2. Các Marker phân tử
- 2.3. Chi tiết về microsatellite
- 2.4. EST
- 2.5. Cơ sở dữ liệu và hệ quản trị cơ sở dữ liệu
- 2.6. Internet và Web
- 2.7. Ngôn ngữ lập trình Perl và Javascript
- 2.8. Cơ sở dữ liệu sinh học
Phần 3: Phương pháp và chương trình sử dụng
- 3.1. Các chương trình và ngôn ngữ lập trình được sử dụng
- 3.2. Thu nhận trình tự SSRs
- 3.3. Xây dựng CSDL, công cụ để giúp người dùng có thể khai thác tốt dữ liệu
- 3.4. Thiết kế giao diện web để truy xuất thông tin tại cơ sở dữ liệu
- 3.5. Tích hợp các công cụ sinh học vào trang web
Phần 4: Kết quả và thảo luận
- 4.1. Kết quả thu nhận trình tự microsatellite
- 4.2. Xây dựng CSDL, công cụ để giúp người dùng có thể khai thác tốt dữ liệu
- 4.3. Trang web thể hiện thông tin cơ sở dữ liệu SSRs của Ananas comosus
Phần 5: Kết luận và đề nghị
- 5.1. Kết luận
- 5.2. Đề nghị
Phần 6: Tài liệu tham khảo